江湖早已不再平静，偏安一隅的五圣教屡遭加害，破败的枫华谷村庄莫名异动。重出江湖的阿萨辛，新登场的曲云和阿亮……流落清水岛数年的沈剑心突然遇袭，这次他又会面临怎样的危机？...

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份