明朝中叶，皇帝怒查军粮亏空，钦定为空印案。三法司衙（俗称六扇门）奉命追查，以季同归为首的捕头反被陷害，无奈之际隐姓埋名继续追查。案件明朗，东厂提督与国相先后叛乱，危难之际六扇门联合锦衣卫挺身而出。

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明朝末年，被戚家军驱逐的倭寇把来不及运走的金银财宝埋藏在了石美村，并留下了一张神秘的藏宝图。数十年后，一个落魄的商人（李添诺饰）和四个小孩无意间发现了藏宝图，却引来一个倭寇、两个笨贼和三个捕快的疯狂争

《七品神探》故事讲述了明英宗正统年间府衙推官赵铭久不畏权贵，秉公执法，屡破奇案的历程。全片通过一系列看似零散的小故事把赵铭久武艺高强，刚正不阿，神勇机智，忠于职守的形象特点展现在观众面前。