在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。

这是，人类与超越人智的存在之间的诀别与共存的故事。社会上的大部分都交由名为hIE的人型机器人管理的世界。17岁的少年·远藤新人，某天与一台人型机器人·蕾西亚相遇，并与之缔结了主从契约。外表与人类一模一