未来的某一天，人类世界堕落成充满血光、杀戮与贪婪的饿鬼道和修罗场，百年战争将所有的人间乐土摧毁殆尽，放眼望去满地饿殍，尸横遍野。少年格斯拥有极为悲惨的命运，他在乱世之中成长为一名只知道依靠手中的兵器存

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，

一名戴面具的男子自昏迷中醒来，回忆一片空白，然而眼前所见到的，却是长着耳朵和尾巴的怪异女子。原来女子名叫艾露露（柚木凉香 配音）。艾露露告诉男子，她是“亚人类”，她和她同族的同伴们住在远离城市的深山之中，靠种植和农耕过着朴素的生活。族长将哈克奥罗（小山力也 配音）的名字赐予男子，从此，哈克奥罗便在这宁静的山村里过上了平静的生活。村子里住着一群善良快乐的人们，哈克奥罗运用自己的智慧帮助村民们开垦耕种，极快的提高了粮食的产量，同时在村民中也有了很高的威望。当村民们正为了这个丰收年而举族欢庆的时候，野心勃勃的

少年仲人无意中闯入了绫小路博士的实验室，阴差阳错地启动了博士研究的钢铁天使胡桃，而胡桃也只把仲人视为主人，对他唯命是从，军队为了收回胡桃，先后派了另两位钢铁天使莎奇和佳玲加，但都失败了。原来整件事背后还有一个组织在操控着，而且博士也被他们劫走了，为了找出答案，仲人和胡桃一行人起身前往博士的秘密实验室。